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erwartest du eigentlich merkliche Unterschiede zwischen den beiden Zylindern?
Also beide Lambdawerte zu sehen ist ja möglich. Dann nimmst den ersten Zylinder, stellst danach dein Gemisch ein usw. Den zweiten logst du mit und bildest dann über die Trim-Table eine Differenz in den Bereichen wo es abweicht. Wenn du das mal so eingestellt hast, dass beide in jedem Betriebspunkt auf dem gleichen Lambdawert sind, dann sollte sich da auch nimmer viel ändern.

Bei einem 90° V2 Motor Hast du durch die untersciedlichen Zündzeitpunkte im Gegensatz zum Boxer eben eine Versatz.

Dein Ansatz klingt gut, da er mit der kleinen MicroSquirt geht.
Ich denke beide Zylinder getrennt zu regeln würde die Betriebssicherheit erhöhen, wenn eine Düse einen Schmutzpartikel hat.
Das Teil soll halt in einem Kleinflugzeug arbeiten, daher der Fokus auf Betriebssicherheit.

Marko